如果您发现自己的车辆被套牌，可以采取以下步骤处理：
收集所有能证明自己车辆清白的证据，包括车辆外观的照片、停车小票、高速收费小票、行车记录仪、停车场和小区的监控录像等。
携带相关证据到车辆登记所在地的交管部门或违章所在地的交管部门提出申诉。申诉成功后，交管部门会开具一份车辆被套牌说明，您可以凭此说明到车管所申请更换牌号。
如果被套牌违章，您需要积极配合交警的调查工作，提供相关证据以证明违章行为并非您所为。如果确认是套牌车所为，被套牌车车主将不承担责任。
如果频繁出现被套牌问题，您可以直接申请更换车辆牌号。在获得交管部门的证明后，您可以前往车管所办理车牌号码变更手续。
建议您定期检查自己的违章记录，并开通手机短信提醒，以便及时发现并处理可能的套牌违章行为。保留所有可能证明车辆位置的证据，以便在需要时提供。
如果发现车辆被套牌，您可以选择向机动车登记地或违法行为发生地的公安机关交通管理部门报案。提供相关证据，如车辆外观照片、违章记录等，以便警方进行调查。
通过以上步骤，您可以有效地处理车辆被套牌的问题，并保护自己的合法权益。