注册咨询工程师的发证部门是 人社会保障部和国家发展改革委。这两个部门共同负责咨询工程师的资格认证和证书发放工作。证书由人力资源社会保障部和国家发展改革委监制，通过地方工程咨询协会发放给考试合格人员纸质证书。咨询工程师的注册主要由全国注册咨询工程师执业资格管理委员会负责。